《漆黑的魅影》剧情方面极具创意，在保留口袋妖怪的世界观的基础上，引入了平行世界的概念，包含游戏世界Genera，漫画世界Creatio和动画世界Abando，游戏流程达三个周目，新增了包括二周目新大陆——赛诺地区在内的大量全新的地图，极大提高了游戏的可玩性，包括全部历代冠军及反派首领在内的诸多人气角色以及一些原创角色都在剧情流程中登场。
